Марко Пантани родился 13 января 1970 года в Чезенатико, Италия (небольшой городок в 100 км к юго-востоку от Болоньи). Марко рано начал заниматься велосипедом - в 12 лет. Еще в любителях он выиграл несколько очень трудных горных гонок. Уже тогда Марко заметили как перспективного горняка. В 1992 году Марко еще будучи любителем выиграл Baby Giro (молодежная классификация на Джиро), после этого он подписывает контракт командой Carrera.